导致郑氏倒向其他势力，是以郑芝龙竟能左右逢源。等到他羽翼丰满之后，凭借着千艘以上武装商船的强大实力，也没有哪国敢动他了。
至于在大明本土，郑芝龙以宗族、乡土为纽带，招揽了一大批得力助手。其中最主要的当然就是他的两个弟弟，郑芝虎和郑芝豹。此外，还有郑兴、郑明、郑彩、陈晖、杨耿、钟斌等十八人，合称“十八芝”，这些人都是他的海上帝国的核心成员。
过去官府也明知郑芝龙从事走私活动，但水师军力太弱，既不敢剿，也根本剿不到人家。后来索性改剿为抚，封郑芝龙为福建水师总兵官。郑芝龙也乐得“洗白”，一方面靠行贿打通关节，使得从福建沿海地区走私更方便，获取惊人的利润；另一方面也免除了朝廷派兵进剿的后顾之忧。
但郑芝龙身为巨盗，行事也异常机警，平生谁也不信。为了确保自己的安全，他早就离开大6，在台湾岛开辟魍港，做为他的“都城”重点经营。
这魍港与澎湖列岛隔海相对，原本是大6移民最先到达、开拓的地区。郑芝龙认为此地港口水深较深，港口外就是大渔场，农田亦很肥沃，且背枕玉山，进可攻退可守，便选定此地做为他的大本营。如今的魍港码头，每天都有上百船只停靠，来自大明、朝鲜、日本、琉球、南洋乃至西方世界的各种货物，源源不断地在此装卸集散，使得此地急展起来，如今已经有数万百姓。
而郑芝龙赖以生存的海战舰队，则主要驻扎在澎湖列岛。其中那艘“宝船，更是郑芝龙平生最得意之作，乃是召集上千工匠，耗费了五年时间才打造出来的。有着这艘旗舰，再加上庞大的舰队，就连他曾经的“老师”葡萄牙人，郑芝龙也不放在眼里了。
按说一个海盗混到郑芝龙这个份上，已经算是登峰造极了。可有道是“人心不足蛇吞象”，郑芝龙亦是如此。此时他正在痛饮美酒，突然停下酒杯若有所思，半晌才喃喃地道：“朱由检…现在到底在干什么？”
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