无能为力。"荷兰人狼狈到只剩下"一艘待修补的船只"，只能坐等东印度公司的救援。
福建官府很惘然地发现，无论是官兵还是荷兰人，对郑芝龙清剿的唯一结果，是使郑芝龙的力量更加强大，郑芝龙的军事基地，从台湾岛的西部一直建到了福建的东南海岸，整个台湾海峡实际上已经全部在郑芝龙的控制之下。
对郑芝龙的威胁相比，明朝政府更大的隐患是来自北方的满族人，满族人的后金不仅是一个异族政权，而且他们进攻的方向直接威胁到帝国首都的安全，因此帝国政府将战略防御重点设置于北方，这是必然的。对于战略居于次要地位的福建，朝廷并不想投入太多的军事力量来对付郑芝龙的海盗集团。
1627年的八月，天启皇帝病死，继任的崇祯皇帝大力调整帝国的政策，这使得重新招抚郑芝龙成为可能。第二年，熊文灿被任命为福建巡抚，这个对时局有着比较清醒认识的官员，力主对郑芝龙招抚，并获得了兵部的认可。曾经被郑芝龙俘虏并且释放的水军将领卢毓英被派往劝降郑芝龙。
以经过第一次招抚被冷落的经历后，郑芝龙更加小心谨慎，他将谈判的筹码抬高了。首先，他要求庞大的军队不被遣散，没有武装实力，他便是一文不名，他提出的理由是用这支军队"剪除夷寇、剿平诸盗"，这一点他也不用过分担心，因为朝廷也需要借助他的力量。其次，他再次强调朝廷应当授予他一定的官职。对于这两项要求，卢毓英表示"定然题保，决不负将军归诚意"，至于军队方面，只是要求郑芝龙能约束自己的部队，"严饬诸人，登岸毋得放纵"。
谈判进行得非常的顺利。由于郑芝龙集团中唯一可对他威胁的陈衷纪在一次海战中，被另一股海盗李奇魁击毙，因而这次归降朝廷，在海盗集团内部并没有遭到强烈的抵制。郑芝龙深谙官场的规则，他同时以大量的银两以及奇珍异宝贿赂福建官员以及朝中政要，这也使得他的要求并没有在朝中引起很大的争议。在正式接受招抚之后，郑芝龙被授予守备职，这虽然不是一个很高的官职，但从此他的海盗集团一变成为合法的政府地方武装，这支武装力量，仍然被郑芝龙牢牢地把握在手中。
郑芝龙没有忘记对自己的基地台湾岛进一步开发，1628年，即崇祯元年，闽南地区遭到大旱灾，由于饥民太多，难以安置，郑芝龙便乘机向熊文灿提议，招纳泉州、漳州数万名灾民，前往台湾岛垦殖，每人发给三两银，三个人发给一头牛，让他们在台湾岛上建立家园，开垦荒地。
这是开拓台湾的一个重要事件，是继颜思齐之后，更大规模的一次开发台湾岛，岛上肥沃的土地、适宜的气候，使得这里一亩地的收成，竟然两倍于大陆，灾民们摆脱了饥寒交迫的窘境，而郑芝龙也坐享其成，收取了大量的田租，这也确保了他对庞大的私人军队的绝对控制权。
虽然郑芝龙的海上力量一枝独秀，但是在东南沿海，仍然存在有其他大大小小的海盗，拥有的船只从两三条到百余条，这些海盗的力量也不可小觑，即便是郑芝龙集团，有时也会吃这些海盗的暗算而吃亏，其中最典型的例子，就是郑芝龙集团的第二号人物陈衷纪死于李奇魁的海盗集团之手。
郑芝龙第一个将目标锁定了李奇魁，并在当年打败了李奇魁的舰队并在战斗中将其斩首。
这次海战的胜利，使福建巡抚熊文灿深信招抚策略的成功，他希望郑芝龙的力量，能成为捍卫东南的海上长城。他与前任巡抚不同，体现出应有的慷慨，将郑芝龙提拔为参将。
李奇魁集团的灭亡，使郑芝龙赢得了朝廷的信任，同时他的虚荣心也不断地滋长，他在晋江安平，离他家乡石井仅有十余公里距离的地方，购置了大片的土地，他聘请了最好的园林设计师与最好的工匠，来负责豪宅的规划与施工，这
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