「这虽然是游戏，但不是闹着玩的。」——「刀剑神域」设计者·茅场晶彦无法完成攻略就无法离开游戏，也等于宣告玩家的「死亡」、这款虚拟实景线上游戏。而唯有接受这个矛盾事实的人，才能够存活下去——游戏内的「死亡」等于宣告玩家的「死亡」——主角·桐人连线进入一款名为「刀剑神域」的游戏里，大约有一万名玩家被强制卷入这款死亡游戏。自己也被卷入其中的桐人，在游戏的舞台——巨大浮游城堡「艾恩葛朗特」里，以不与人组队的独行剑士身份，逐渐崭露头角。桐人本以完全攻略的条件——到达城堡最上层为目标，持续进行严酷且漫长的冒险。但自从遇见细剑高手——女性细剑使亚丝娜，以及公会「血盟骑士团团长」「圣骑士之希兹克利夫」后，他的命运却产生了巨大的变化。桐人能否从游戏里全身而退……
