天启七年（1627年）十一月一日，崇祯帝斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。一这无疑刺激了崇祯帝敏感的神经。于是，崇祯帝接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。[54]
天启七年（1627年）十一月六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲，最后自缢而亡。而清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。[54]
清算阉党
此时明朝中央政府机构中遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。
为此，清算魏党的战斗刻不容缓。
崇祯帝先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。
[60]从天启七年（1627年）十一月至崇祯二年（1629年）三月，清查阉党逆案的罗网撒开。
除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。
与此同时，崇祯帝下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。
[60]
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，崇祯帝都一一做到了。除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，理论用之实践的结果却让崇祯帝品尝到了政治的苦涩。[60]
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已。两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的崇祯帝陷入了一场永无休止的战争之中。[60]
明朝自万历以来，党争不断，东林党与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面。朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党，但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。[60]
勤政廉政
据有关史料记载，崇祯帝勤政到为处理公文彻夜不眠。一次，他去慈宁宫拜见宫中最有威望的刘太妃（崇祯帝祖母辈）时，竟然坐着睡着了，刘太妃命人拿来锦被给崇祯盖上。崇祯醒来后苦涩地说，为处理公文，召见群臣他很少能休息，已经两夜未眠，说罢与刘太妃相对落泪。崇祯帝白天在文华殿批阅奏章，接见群臣，晚上则在乾清宫看奏章，遇到军情紧急时便连续几昼夜不能休息。[61]
崇祯帝是明朝自太祖以来罕见的勤政之君，除了照例应免日期之外，每日视朝，并参加日讲和经筵。
一日，他参加日讲时，由于疲惫不堪，随意把脚放到台楞之上。
当时日讲官文震孟正好讲到《尚书》中“为上者奈何不敬”
一句，便抬眼注视皇上翘起的脚，崇祯帝不好意思地以袍袖遮掩，把脚徐徐放下。
可见，他对日讲也是认真对待，并非敷衍了事。
[62]崇祯帝上任伊始，发出“文官不爱钱”
的号召。
在随后的日子里，他一直以身作则：当政17年，宫中没有进行任何营建，吃穿俱不讲究。
[63]
罪己诏
次数
崇祯八年（1635年）正月，在中原数省范围内流窜奔袭经年的陕西农民军突然挥师南下，出其不意地一举攻克明朝中都凤阳，大明开国皇帝朱元璋的龙兴之地，掘朱元璋祖辈之明皇陵并焚毁之，熊熊大火和弥天烟雾持续了数日之久。
随后，朝廷匆忙调集各省精兵八万余人在中原地区进行会剿。
八月，洪承畴负责督剿西北，卢象升负责督剿东南，剿灭农民暴乱军之战事在全国范围内拉开帷幕。
十月初，崇祯帝走出了令他的自尊十分难堪的一步，即第一次向全天下颁布“罪己诏”
，向天下臣民首次承认朝廷的政策失误及天下局势的险恶。
崇祯十年闰四月，北方大旱，中原大地、赤野千里、饿殍遍野、民不聊生，而地方官吏仍旧逼粮催科、盘剥百姓，多处地方亦然民怨沸腾、干柴烈火、一触即燃，面对这样的危局，崇祯帝在久祈不雨时的时候颁布《罪己诏》。
崇祯十五年（1642年）新年伊始，崇祯帝在奏对朝臣时格外谦卑地揖拜阁臣周延儒等人，希翼君臣齐心协力、再图振兴国事之举。
正月，在崇祯帝的默许下，朝廷派马绍愉为特使，同关外清庭进行谈判，以期减缓明朝腹背受敌的军事压力。
二月，闯王李自成所部在襄城大败明军，杀害陕西总督汪乔年。
三月、四月，关外松山等城相继被清军攻陷，辽蓟总督洪承畴被清军俘虏，后归降清廷。
五月，李自成所部三围开封。
七月，贤淑聪慧的田贵妃病故，崇祯帝悲痛欲绝、日不思饮、夜不成寐、痛不欲生。
八月，对清庭议和机密被朝臣泄露，朝廷舆论大哗，迂腐言官大肆抨击，崇祯帝恼羞成怒，情急之下，竟将无意泄漏国家机密的兵部尚书陈新甲下狱问斩，明清之间的和谈彻底破灭。
九月，在李自成所部围困开封期间，黄河堤溃，开封城被滔滔洪水冲毁，导致几十万开封百姓无端丧命，酿成明末巨大人道灾难，李自成对此负有不可推卸的历史责任。
十月，李自成所部在郏县击败明陕西总督孙传庭部。
十一月，清军第五次入塞劫掠，深入山东腹地，俘获人口三十余万人丁，杀害官吏数百人。
闰十一月辛丑，崇祯第三次下罪己诏。
崇祯十六年（1643年）年初，闯王李自成在襄阳建立政权。
二月起，京师瘟疫流行。
三月，左良玉部哗变。
四月，清军进犯出塞。
五月，张献忠部攻克武昌，楚王遇害（被张献忠残忍地打入囚笼沉入长江溺死），张献忠正式建立“大西”
政权。
随后，内阁首辅周延儒被罢官。
六月，崇祯痛心疾首、欲哭无泪，悲愤地向天下官绅百姓第四次下罪己诏，谴责自己的失德和过失导致生灵涂炭、社稷遭殃，希望天下官民士绅能够振聋发聩、共赴国难，鼎立拯救危机重重、病入膏肓的大明王朝。
